طبقه دوم بیمارستان امیرالمومنین دارای بیش از 1500 متر زیر بنا می باشد
این طبقه دارای دو بلوک مجزا بوده که بلوک بیمارستان از بخش های جراحی عمومی ، آی سی یو ، سی سی یو ، ان آی سی یو ، جراحی زنان و زایمان در بلوک اداری دارای بخش اداری و مدیریت پرستاری و مدیریت داخلی و ریاست بیمارستان می باشد
ورود به داخل بخش های جراحی و ای سی یو و ان ال سی یو بدون هماهنگی ممنوع می باشد